塗装剥がれとの事ですので、基本は塗装で修補が完成すると認識して良いかと思います。
また、過失であれ、修補義務はその範囲のみという考え方が、国交省の指針とする「原状回復をめぐるトラブルとガイドライン」です。
（1）一般論、ガイドラインに沿う形であれば塗装などによる部分補修費の負担になるかと思います。
しかし、契約上で何らかの特約があったり、オーナーや管理会社がガイドラインとは別段の定めをしている際には、その規定している範疇の回復義務を要求されることもあるかもしれません。
入れ替えとなった場合においては、設備の機能を著しく損耗させた、使用に耐えられない状況を発生させた等ではないと認識しますので、全額の負担義務は当然ながらありません。
（2）申告と重く考えず、まずは一報入れ、状況をご報告なさってみてはいかがでしょうか。
万一、想定外の回答があった場合には、対応への時間的余裕も生まれるかと思います。
また、不安を払拭するという意味でも、報告して貸主側の考え方を聞いておくことは良いことだと思います。
