大家さんが雨漏りに対応してくれていて、雨漏りはしていても店の営業が出来ているようですので、それを理由として退去した事での損害賠償請求は出来ないです。
行なった店内の改修ですが、どの様な状態や条件で借りた店舗であるかによって考え方が変わります。
スケルトンで借りて、自らの設備として借りた店である場合、それらを残していくとしても、そもそもスケルトンに戻す義務があるので、何も請求できません。
内装付で借り、造作買取請求権を放棄するといった合意がなければ、改修工事にかかった費用から償却分を差し引いた額を造作買取請求することは出来ます。