土地の契約について | 賃貸生活の語り場

不動産屋には、契約を1年にしてほしいと申し出たのですが、
不動産屋に言われるまま3年の契約をしてしまいました。】
そこに問題があるように思われます。自分の意思で何で
1年で契約したいのになぜ3年で契約してしまったのですか？
（この場合、期間はあまり関係しませんが）
それで今年契約して期間があまり経っていないですし相手が
納得できるのかな？

【その土地に家を建てたいと思い、土地を返してほしいと不動産屋に
相談したのですが、契約が切れるまで、返せないと言われました。】
そんなことありません。お互い合意をすれば終了できますし、
内容の変更も可能です。

【駐車場は、見る限り従業員の車しか止まっておらず、半分以上空いて
いる状態ですが、病院側としても駐車場が無くなると困ると思うので、
家が建てられる一部の土地だけでも返してもらいたいと思っています。】
それも相談してみたらどうですか？
ただ、拒否されたら無理でしょう。自己の使用についてもあなたの
家がここにしか建てられないということなら正当事由で期間解約
できると思いますが。

契約を途中で破棄し、土地を返してもらえるのでしょうか？
上記の通りです。

また、返してもらうにあたり、違約金などを払わなければならない
のでしょうか？
当然、契約違反ですから違約金等発生するでしょうね。

しかも契約期間は3年。
いわゆる「借地」（建物所有のための土地賃貸借）とは、まったく別物ですし、誤認する余地はないと思います。
契約期間満了により、更新しなければ契約は終了します。

通常、駐車場契約は貸し借りどちらからでも定められた予告期間内に申し出ることによって解約できます。
即時解約する場合は、何らかの補償・違約金が必要と思います。
契約書の中に「解約予告」に関する条文はありませんか？
通常「○ヶ月前に予告」する、という趣旨の条文が入ってると思いますよ。
これに従っての解約ならば、違約金等は不要なケースが多いです。
（まれに損害賠償やら違約金の定めのあるものもありますが、よく用いられる定型のものにはありません）

いずれにしても契約書読み返して見てください。