物件の直接契約と賃貸の契約書の発行について -賃貸 博士-

何度もすみません。時間がないうえに、新しい事実が出てきたので教えていただきたいです。

先日、こちらで不動産屋と大家とのことで質問したばかりですが、それに関連して今年の更新の際に契約書と領収証をもらっていない事が解りました。
二年前に仲介をしていた不動産屋がなにも通知もなしに仲介を終了したために、今回は別の不動産屋で相談したところ、とりあえず更新料を支払えば不法占拠にはならないという事で父は振り込んだそうなのですが、振り込んですぐに支払われていないと言われて揉めています。

他のところで調べている間に、大家との直接契約は違法だと聞いたのですが、もし違法な場合お互いにどんなデメリットがあるのでしょうか？
借主である私達は現時点で購入をしないならば、リフォーム代として前金200万を請求するという話しになってきています。退去時にクリーニング代等などだと思うのですが、大家側は何もないのでしょうか？
また、この場合、今からでも契約書等を大家から発行してもらうことは可能でしょうか？
7/20までだったようなので早急に回答が欲しいです。すみません。