許認可が得られないと保証金が全て償却するのは問題ないのか？｜教えて！不動産屋さん｜マンション・アパート 賃貸契約

法的に問題です。違法ですので、その様な「償却」は出来ません。

その契約は不動産屋は入っていますか？
もしプロである不動産屋が入っているのなら、余りにもレベルが低くて呆れます。
オーナー直であるのならば、違法行為であることを知らないのでしょうが、かといって許されるものではありません。