はじめまして、
LIXIL不動産チェーン
ERA中央企画と申します
質問者様の書かれている内容がそのまま事実だとしたらひどい話ですね…。
2年前の入居時にはそのような状態で引渡しをしたにも関わらず、退去時にはクリーニングその他修理費用を請求するとは言語道断！
同業者としても、今回のご質問は読んでいてとても恥ずかしい気持ちになりました。
たしかに、入居時に「こんなものか」と思って質問者様が特に意義申し入れをしなかった点は失敗だったかも知れませんが、だからといって、仲介会社に言われるがままに泣き寝入りする必要はありません。
細かい部分はともかく、汚れ・破れが酷かった箇所は写真も撮って保管してあるのですよね？
>その場で異議を唱えましたが聞き入れてもらえず入居当初からというのなら証明してくださいと言われました。
であるならば、逆に「入居当初は綺麗にリフォームして引き渡したことを証明してください」と返してみてはいかがでしょうか？
また、「消費者センターに相談する」と言ってみるのもよいでしょう。
とにかく、無事に解決されることを願っております。
PS:仮に質問者様の故意・過失で破損した部分等があれば、その修理に掛かる費用は当然に借主の負担となります。
